COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.801838
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.824855
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.847081
2021-02-02 17:00:00 12.845745 14.618406 14.845417
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 14.948350
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 14.994566
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.040310

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 11.360381
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 11.259304
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 11.319622
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 10.854116
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.111923 10.166887
2021-01-31 17:00:00 4.321187 12.733608 9.315435
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 8.626005

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 13.340634
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 13.419979
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 13.833686
2021-02-02 17:00:00 10.658915 10.658915 14.135226
2021-02-01 17:00:00 9.219858 17.821782 14.745551
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 15.152638
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 15.618981

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 9.087187
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 9.167580
2021-02-03 17:00:00 10.868079 10.868079 9.172570
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 9.307194
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 9.328294
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.445535
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.510804

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 14.359855
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 14.130297
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 13.987409
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.126748
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.241101
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 14.008588
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.757396

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 26.288010
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 26.713855
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 26.859796
2021-02-02 17:00:00 17.124489 17.124489 27.285756
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 27.893551
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 27.940379
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 28.379594

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 18.161969
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 18.681371
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 18.737428
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 18.650162
2021-02-01 17:00:00 17.622951 17.622951 18.745122
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 18.905977
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 18.847578

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.830776
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.907669
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 6.067805
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.137219
2021-02-01 17:00:00 9.584280 6.741407 6.169456
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.233467
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.347227

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 15.320249
2021-02-04 17:00:00 22.765363 22.765363 14.929799
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 14.391642
2021-02-02 17:00:00 14.432990 14.432990 13.777723
2021-02-01 17:00:00 20.580110 20.580110 13.282857
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 13.035996
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 12.735546

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 22.137742 15.400937 18.585930
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 19.121095
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 19.594996
2021-02-02 17:00:00 20.212766 20.212766 20.060877
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 20.473800
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 20.802400
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 21.105828

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.628933
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.735787
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 12.815848
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 12.789699
2021-02-01 17:00:00 19.129555 12.676973 12.755611
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.953187
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 12.783887

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 11.649366 11.649366 10.929272
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 10.870329
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.974425 10.637203
2021-02-02 17:00:00 8.659218 10.115237 10.366814
2021-02-01 17:00:00 10.485437 10.485437 10.177197
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 10.052844
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 9.801993

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 82.617231
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 82.268235
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 81.512784
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 81.104495
2021-02-01 17:00:00 27.622378 77.890467 80.406949
2021-01-31 17:00:00 33.865120 62.684564 78.799395
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 77.916874

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN
2021-02-01 17:00:00 37.857143 146.071429 NaN
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 14.329644
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 14.106681
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 14.133996
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.038137
2021-02-01 17:00:00 20.015576 9.613766 14.171056
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 14.268662
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 14.407974

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 25.062141
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 25.272216
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 25.476499
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 25.108758
2021-02-01 17:00:00 16.652021 44.793497 25.602229
2021-01-31 17:00:00 99.165121 26.181729 26.339846
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 26.701579

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.602390
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.779630
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.936251
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.933677
2021-02-01 17:00:00 11.212397 4.864544 7.159603
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.292883
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 7.444672

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 14.042849
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.215435
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.382101
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 14.580263
2021-02-01 17:00:00 17.847158 13.151343 14.793233
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 14.941912
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 15.275199

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 7.941975
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 7.936192
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.734962 7.864624
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 7.776745
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.310743 7.855816
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.900470
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 7.947142

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 23.241324
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 23.244690
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 23.464829
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 23.135682
2021-02-01 17:00:00 74.093264 10.091743 23.011884
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 22.890098
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 23.051954

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 8.932886
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 8.832790
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.318139
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 8.979449
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.448276 9.058924
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 9.588725
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 9.776097

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 25.142933
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 24.950436
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.185740
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.362402
2021-02-01 17:00:00 33.574720 18.850490 25.202046
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 25.809877
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 26.410683

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.151194 9.151194 11.360381
Basilicata 12.842713 12.842713 13.340634
Calabria 10.883424 10.883424 9.087187
Campania 14.513598 14.513598 14.359855
Emilia-Romagna 26.729375 26.729375 26.288010
Friuli Venezia Giulia 15.621716 15.621716 18.161969
Lazio 5.302291 5.302291 5.830776
Liguria 12.943470 12.943470 15.320249
Lombardia 22.137742 15.400937 18.585930
Marche 13.324751 13.324751 12.628933
Molise 11.649366 11.649366 10.929272
P.A. Bolzano 79.330254 79.330254 82.617231
P.A. Trento 84.166667 84.166667 NaN
Piemonte 14.735516 14.735516 14.329644
Puglia 28.151066 28.151066 25.062141
Sardegna 7.074090 7.074090 6.602390
Sicilia 11.045365 11.045365 14.042849
Toscana 9.308792 9.308792 7.941975
Umbria 29.632107 29.632107 23.241324
Valle d'Aosta 8.888889 8.888889 8.932886
Veneto 25.056264 25.056264 25.142933

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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